Ao criar um subdominio, o sistema já irá criar uma pasta com o mesmo nome do subdominio. Exemplo: teste.dominio.com.br os arquivos deverão ficar na pasta /public_html/teste

Automaticamente uma conta de ftp será criada para gerenciar este subdominio, para acessa-la efetue login no ftp com o usuario teste@dominio.com.br (substitua teste pelo login escolhido por voce, e dominio.com.br pelo seu site) e use a senha que voce escolheu para o subdominio.